2004年起与其他高校联合培养硕士研究生，2011年起与四川师范大学联合招收硕士研究生。近年来，学校有西南大学、电子科技大学、四川农业大学、长江大学、四川师范大学、重庆师范大学、西华师范大学、中国科学院水生生物研究所等近30所高校及科研院所硕士生导师近100人，其中，教授75人，拥有博士学位52人。主要招生专业和领域涵盖教育学原理、学科教学、数学、水产养殖、水生生物学、化学等。截至2023年12月，联合培养或指导硕士研究生200余名，毕业生就业率100%。毕业生主要就业于政府部门、企事业单位、高校、城区中学等。

学校坚持以生为本，为研究生人才培养提供了坚实保障。学校制定了完善的研究生管理制度，为激励学生勤奋学习，努力钻研，为来校研究生解决校内住宿问题，并减免住宿费。同时，学校设置了完善的奖、助、贷、勤、免体系，资助研究生顺利完成学业。学校图书文献、网络平台、文体设施、后勤服务等全方位服务研究生教育。研究生联合培养工作不仅培养了优秀人才，锻炼了导师队伍，积累了研究生培养经验，更为我校硕士研究生培养单位的申报工作奠定了坚实基础。